Suomen Sisu ry perustettiin hakkapeliittain päivänä 6.11.1998 Suomalaisuuden liiton nuorisojärjestöksi. Ensimmäinen toimintavuosi 1999 kului pitkälti toiminnan järjestämisessä ja suunnittelussa.

Keväällä 2000 muutaman lehtijutun johdosta Suomalaisuuden liitto ja Suomen Sisu neuvottelivat järjestöjen välistä suhteista, koska muutama lehti oli julkaissut harhaanjohtavia tietoja ja Suomalaisuuden liitto pelkäsi valtionapunsa menettämistä. Neuvotteluissa sovittiin, että Sisu pyytää eroa liitosta, mutta jatkaa toimintaansa liiton tiloissa.

Kyseinen eronpyyntö piti käsitellä sääntöjen mukaan käsitellä kaksilla suurkäräjillä, mutta ennen kuin käräjät ehtivät edes kutsua suurkäräjät kokoon, erotti Suomalaisuuden liitto Suomen Sisun ja vaati tätä poistumaan tiloistaan.

Uusi tilanne ilman toimintatiloja ja toimisto-infrastruktuuria lamautti järjestön toiminnan ja todisti vahvan keskusjohtoisen järjestön heikkouden - alkoi Suomen Sisun uudistaminen.

Kesällä 2000 Sisussa päädyttiin hajautettuun malliin, jossa paikalliset toimijat eivät olisi riippuvaisia ylemmän johdon siunauksista. Suomen Sisu ry:stä päätettiin tehdä samannimistä kansallista liikettä palveleva esikuntaorganisaatio, joka huolehtii liikkeen hallinnollisista, juridisista, taloudellisista yms tarpeista Käytännössä organisaatiouudistus tarkoitti Sisun uudelleen perustamista, sillä olihan vanhamuotoisenkin järjestön toiminta ollut muutaman kuukauden täysin lamaantunut.

Uuden organisaatiomallin vuoksi nähtiin tarpeelliseksi laatia jotain yleistä suuntalinjaa antava julistus tai ohjelma. Syksyn 2000 aikana Suomen Sisulla oli oma toimitila Helsingissä korkeavuorenkadulla ja eri työryhmissä valmisteltu periaateohjelma 2000 hyväksyttiin Suomen Sisun III suurkäräjillä. Vuoden 2001 aikana uutta Sisua rakennettiin ja uutta jäsenistöä värvättiin. Vuosi 2002 oli toiminnan kannalta voimakasta kasvua ja kehitystä.

Perustamiseen liittyvän pioneerivaiheen voidaan katsoa päättyneeksi ja arkisempi aherrus voi alkaa. Tämä järjestön aikakausimurros kulminoitui koko Suomen kansallismielisen liikkeen historian ensimmäiseen demokraattiseen puheenjohtajavaihdokseen V suurkäräjillä joulukuussa 2002. Kansanvaltainen henki on näin vakiinnuttanut asemansa kansallismielisten keskuudessa.

Keväällä 2006 Suomen Sisu sai paljon julkisuutta julkaistuaan alkuaan tanskalaiset Muhammed-piirrokset.

Vuoden 2008 aikana järjestölle laaditaan 10-vuotishistoriikki.