Suomen Sisun toimintaorganisaation malli on johdettu tietotekniikan olio-ajattelusta hajauttamalla toimintoja, kuitenkin siten että liikkeen toimintaa voidaan ohjata tehokkaasti. Tämä esitys on vain pintapuolinen kuvaus, eikä sen tarkoituksena ole kertoa yksityiskohtaisesti mallistamme.

Historiallisista syistä Suomen Sisussa on havaittu perinteisen keskusjohtoisen yhdistysmallin ongelmat etenkin kriisien alla ja niistä selviytymisessä. Toimintojen hajauttaminen tekee organisaatiosta kestävämmän erilaisia uhkia vastaan, ja toiminnan ohjaaminen tapahtuu verkostoitumalla ja nykyaikaisia viestiyhteyksiä käyttäen. Suomen Sisun toimintaorganisaatio rakentuu itsenäisesti toimivien pienryhmien varaan. Kyse ei kuitenkaan ole täysin johtamattomasta autonomisten ryhmittymien poukkoilusta. Yhteinen suunta tulee noudattamalla periaateohjelmaa sekä yleisesti hyväksyttyjä toimitatapoja.

Pienryhmiä voi olla lukemattomia erilaisia, mutta on muutamia seikkoja jotka jokaista yhdistävät: pienryhmän rajapintana sekä muihin pienryhmiin, yhdistyksiin ja mahdollisesti järjestön ulkopuolellekin toimii ryhmästä noussut lähijohtaja, jonka vastuulla ryhmän toiminta ensisijaisesti on ja joka toimii myös yhdyssiteenä pienryhmän ulkopuolisiin orgaaneihin.

Ihmisryhmille luonteenomaista on, että ryhmästä nousee yksi keskushamo, joka voi olla ryhmänsä ahkerin ja aktiivisin jäsen, mielipidejohtaja, erikoistaituri, iällisesti vanhin, toiminnassa kokenein, kovaäänisin ja suurikokoisin tai muuten vaan mukavin heppu. Lähijohtaja on siis se henkilö, joka jokaisessa ihmisten muodostamassa ryhmässä pitää ryhmänsä yhdessä, toiminnassa ja virkeänä. Jo nimityskin kertoo että paitsi johtaja on jokaisen lähin sellainen, tulisi hänen myös jossain määrin olla riittävän läheinen henkilökemiallisesti.

Oheinen kuva kertoo erilaisia pienryhmien organisoitusmitapoja. Ryhmä muotoutuu itse sellaiseksi kuin parhaaksi näkee, ja se voi määritellä ulkoiset suhteensa joihinkin toisiin samantyyppisiin pienryhmiin parhaaksikatsomallaan tavalla. Näin jokaiselle persoonallisuudelle pitäisi lopulta löytyä juuri hänelle sopiva toimintayhteisö. Pienryhmät toimivat joko oman alansa erikoistehtävissä tai yleisenä paikallisena kokoojaryhmänä.

Eri alojen pienryhmät toimivat yhteistyössä muiden vastaavien ryhmien ja Suomen Sisun toimialakoordinoijan kanssa. Pienryhmien on tarkoitus muodostua tiiviiksi ja tehokkaikkaiksi yksiköiksi, joissa vallitsee suuri keskinäinen luottamus ja hyvä yhteishenki. Samat henkilöt voivat toimia useammassakin eri pienryhmässä.